Pod siedzeniem znajdują się 2 złącza.
Luźny pojedynczy przewód w kolorze pomarańczowo-czarnym jest w schemacie okablowania określany jako zacisk samodiagnozy i, jak sama nazwa wskazuje, stanowi część procedury rozwiązywania problemów dla układu wtrysku paliwa (FI). Krótko mówiąc, gdy to złącze jest uziemione w określonej sekwencji, kontrolka FI miga kodem błędu wskazującym uszkodzony element lub w innym trybie poprzedni błąd, który jest zapisany w pamięci ECU.
Drugie zamontowane złącze ma cztery przewody w kolorach jasnoniebieski/czarny, czarny/żółty, brązowy/biały i jasnozielony/biały (sześć przewodów w modelach ABS). Kawasaki odnosi się do tej wtyczki jako złącza systemu samodiagnozy i chociaż w instrukcji serwisowej Ninja 650R (ER-6F) ani ER-6N nie ma żadnych wskazówek dotyczących jej przeznaczenia, wydaje się, że to złącze jest używane w połączeniu z narzędziem dealerskim o nazwie Kawasaki Diagnostic System (KDS).
KDS 3.0 (do 2007 KDS 2.0) to program uruchamiany z komputera w połączeniu z kablami i adapterem, które są podłączone do motocykla za pośrednictwem złącza systemu samodiagnozy. Program może być używany przez dealera do:
1. Wyświetlania informacji o ECU i modelu.
2. Wykonywania diagnostyki systemu.
3. Wyświetlania, zapisywania i drukowania danych serwisowych.
4. Uruchamiania poszczególnych wtryskiwaczy i innych siłowników.
5. Wyświetlania, zapisywania i drukowania wartości czujników w czasie rzeczywistym.
6. Wyświetlania i drukowania wykresów (wartości czujników w czasie rzeczywistym).
7. Kasowania zapisanych danych serwisowych.
W modelach ABS KDS 3.0 może być używany do diagnozowania usterek ABS i czyszczenia zapisanych danych w ECU ABS. Urządzenie KDS 3.0 można kupić u dealera lub online, a zestaw obejmuje:
Adapter KDS 3.0 – (P/N 57001-1648) – Koszt ok. 1040,00 USD
KDS 3.0 CD-ROM z oprogramowaniem – (P/N 57001-1650) – Koszt ok. 65,00 USD
Kabel komunikacyjny 8-pinowy – (P/N 57001-1649) – Koszt ok. 55,00 USD
Kabel komunikacyjny 4-pinowy – (P/N 57001-1688) – Koszt ok. 55,00 USD
Kabel USB – (P/N C57001-0017) – Koszt ok. 20,00 USD
Instrukcja obsługi KDS 3.0 – (P/N 99929-0154-02) – Koszt ok. 9,00 USD
W niektórych krajach wymagane jest ograniczenie mocy silnika (33 KM) dla nowych kierowców. Informacje są lakoniczne, ale modyfikacja ograniczająca wydaje się składać z dwóch części, modyfikacji elektrycznej wykorzystującej złącze systemu samodiagnozy i śruby ograniczającej pełny obrót koła pasowego przy korpusie przepustnicy.
Innym zastosowaniem złącza systemu samodiagnozy wydaje się być montaż akcesorium wskaźnika biegów.